A senadora Gleisi Hoffmann (PT) assumiu a Casa Civil no lugar de Antonio Palocci (PT) em 7 de junho.
Ideli Salvatti (PT) e Luiz Sérgio (PT) trocaram de cadeiras no dia 10 de junho. Ele passou à frente do Ministério da Pesca e Aquicultura e ela se tornou a nova ministra das Relações Institucionais. Na visão do governo, após a saída de Palocci, criou-se uma lacuna na articulação política, que não poderia ser preenchida pela substituta Gleisi Hoffmann, que terá uma gestão técnica à frente da Casa Civil.
Paulo Passos assumiu, no dia 11 de julho, o posto de ministro dos Transportes após quatro dias como titular interino da pasta. O ministro anterior, Alfredo Nascimento , pediu demissão após denúncias de que seu partido teria realizado um mensalão envolvendo contratos de obras em rodovias.
O ministro Nelson Jobim , titular da pasta da Defesa, pediu demissão em 4 de agosto após dizer que considerava a ministra das Relações Institucionais, Ideli Salvatti, "muito fraquinha", e que a ministra da Casa Civil, Gleisi Hoffmann, "sequer conhece Brasília". Ele se defendeu alegando que seria tudo "parte de um jogo de intrigas". Para seu lugar, foi escolhido Celso Amorim , ex-ministro de Relações Exteriores.
Wagner Rossi pediu demissão em 17 de agosto do Ministério da Agricultura após denúncias contra sua gestão. Assumiu o líder do governo no Congresso, Mendes Ribeiro Filho , no lugar de José Fontelles, interino.
O deputado Gastão Vieira (PMDB) foi anunciado em 14 de setembro como o novo ministro do Turismo, em substituição ao também peemedemista Pedro Novais. Ligado à família Sarney.
